De nombreux témoins rapportent qu'au XVIIe et au XVIIIe siècle les Grecs-Orthodoxes en appelèrent à de nombreuses reprises au Pacha de Jérusalem (la ville était alors sous domination turque) pour lui demander d'interdire aux Catholiques-Romains d'utiliser cet instrument, prétendant qu'ils avaient converti l'église du Saint-Sépulcre en un lieu de jeux de comédies et de spectacles ! Les pachas semblent avoir réagi de façon très positive : ils demandèrent qu'on leur apporte un orgue et qu'on en joue devant eux, et lorsque cela fût fait ils trouvèrent la musique très agréable et défendirent que l'on molestât les frères organistes, comme cela semble avoir été la pratique à cette époque. Pourtant les Grecs-Orthodoxes ont apparemment eu gain de cause en 1756, car ils réussirent à empêcher l'installation au Saint-Sépulcre d'un orgue de grandes dimensions spécialement fabriqué à Jérusalem par deux facteurs d'orgues franciscains espagnols (voir l'article consacré à l'orgue de l'église Saint-Sauveur). Depuis cette époque plusieurs orgues ont dû se succéder sans qu'on en ait gardé la trace.
L'orgue actuel est installé dans le transept droit de l'église (Chapelle Sainte Marie Madeleine) et sert à accompagner la liturgie quotidienne. L'orgue est la propriété de la Custodie Générale de Terre Sainte. Il a été construit en 1969 par la firme italienne Giovanni TAMBURINI de Crema (Cremona). La place étant insuffisante pour loger le buffet sur le balcon qui domine la chapelle, et une partie de l'orgue ayant été endommagée par les eaux de pluie, un second buffet fut installé par les soins du Père D. TABOADA sur la tribune qui prolonge le balcon. Une partie des jeux fut placée dans un petit réduit fermant avec une porte en bois. L'ouverture et la fermeture des volets d'expression et de cette porte se fait au moyen de longs bras coulissants en bois. La console est placée en avant sur cette même tribune exigüe. A côté d'elle se trouve une console moderne installée par le facteur d'orgues RIEGER qui permet de jouer simultanément sur les deux orgues de l'église. Le buffet principal est en bois de chêne fonçé, sans aucun ornement. Il est visible d'en-bas et contient les registres du G.O. En façade sont les tuyaux du Principal 8. Le second buffet est lui-aussi visible d'en-bas (avec un peu de recul) : il contient les registres du Récit. Les registres de la pédale sont placés en arrière.
La disposition des buffets sur le balcon et la tribune rend extrêmement difficile l'accès aux tuyaux, et surtout à ceux du premier clavier, ce qui explique pourquoi ils sont en général désaccordés.

Disposition             27 registres

Accouplements:    II-I  II-P et I-P  manuel (domino+bouton) et par pédale
 
Pédale Ripieno I
Pédale Ripieno II
Pédale Aumentatore (crescendo) avec indicateur de volume
Bouton annulateur de registres
Bouton P(ieno) P(édale) : pédale automatique

Expression       Récit

Tremblant         Récit

Transpositeurs II-P + octave
I-P +octave
II-I + octave
II-I - octave
I-I + octave
II-II + octave
II-II - octave
Transpositeur général deux demi-tons + ou -

Combinaisons:    5 combinaisons fixes et 5 combinaisons libres
                     
Traction des jeux et des claviers électrique